果心居士一派
果心居士（かしんこじ）
大政奉還から明治維新までに忍者組織を一つに統一した実質忍者のトップ。
雲隠一族（くもがくれいちぞく）
NINの指令系統を無視する、代々果心居士を守る一族。
NIN（忍）
NIN（忍）
世界最大の暗殺組織。政府の指揮下にはなく、独立した機関である。
旧七人衆（きゅうしちにんしゅう）
現七人衆。若返りや脳移植で脱世襲制を図るも、ネオ七人衆に暗殺を狙われている。
ネオ七人衆（ねおしちにんしゅう）
旧七人衆の孫。旧七人衆が権力を譲らないため、旧七人衆暗殺を目論む。
乱乱一派（らんらんいっぱ）
乱乱が多羅の乳母になったことで台頭してきた。
NIN敵対組
UN（アンダーニンジャ）
戦後NINと分離し、NINに敵対する組織。宗主の神隠は果心居士を倒すことを目的としている。
NIN離反組（にんりはんぐみ）
NINから離反した組織。佐々魔を筆頭に、加藤が
日本政府（にほんせいふ）
NINの指揮権を狙う組織。NIN離反組を手を組み実現しようとしている。
厚生労働省（こうせいろうどうしょう）
日本政府直下の一省庁。直接は出てこない。
援護工作二課（えんごこうさくにか / エンコー）
UN、NINに次ぐ第三の忍者組織。少数の生き残りはいるが、ほとんど登場しない。
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